CCD和CIS的區別
簡單說這兩種掃描儀的區別就在于感光器件上，CCD型掃描儀使用的是電子耦合器件，而CIS型掃描儀使用的是接觸式影像感光器件。這兩種感光器件的工作原理大相徑庭： CCD元件本身是整個掃描儀成像的核心，但光源發出的光必須經過鏡片的反射和透鏡的聚焦，這些光學器件的加入使整個掃描儀成本提高；而 CIS掃描儀是利用微小光源發出的光經掃描原稿反射后由感光器件直接接收而成像，CIS感光元件本身足以完成成像任務，不需要鏡片和透鏡的參與，因此產品的組裝非常容易，成本較低。由于CIS掃描儀依靠直接接收反射光成像，技術含量相對較低，在掃描景深等方面表現較差。除了感光部分的差別外，兩種掃描儀其它部分的工作原理基本一致，都是將光信號轉變成數字信息。
CCD型掃描儀的缺點是：需要一整套光學系統，包括照明冷光源和多個反光鏡和光學鏡頭，通過復雜的光路在CCD傳感器件表面成像。它的組成部件較為復雜，成本相對較高，掃描后對圖像數據的處理也相對復雜。一般使用冷陰極管做光源，需要預熱1分鐘左右才能穩定發光。CCD掃描儀需要通過一系列透鏡、反射鏡成像，所以會產生色彩偏差和光學像差，一般需要通過掃描軟件進行色彩校正。
CIS型掃描儀的優點是：具有模塊化設計，掃描光源、傳感器、放大器集成為一體，結構、原理和光路都極為簡單。由傳感器直接從稿件表面獲取圖像，理論上不會產生色偏和像差，能獲得最接近原稿的圖像效果。能夠降低設計制造成本，而且產品的體積可以設計得更薄、更小，CIS型掃描儀沒有明顯的等待時間。
CIS型掃描儀的缺點是：不能使用鏡頭，只能壓近原稿掃描，掃描精度較低。另外，它的光源只能用LED發光二極管，這種光源無論在光色以及均勻度上都比較差，色域較CCD窄，獲得的色彩不如CCD的豐富，而且光源的壽命比較短。
此外，傳統的CCD掃描儀因為采用光學鏡頭成像于CCD表面，所以它具有一定的景深，對隆起的書脊，甚至實物都可以得到清晰的掃描效果。CIS掃描頭利用傳感器從掃描物體表面得到圖像，景深較短，掃描的層次有些不足，對掃描擺放不平的文稿和圖片顯得有些力不從心，待掃描物體必須平整地放在掃描儀上。CCD的景深至少是CIS的10倍，這意味著CCD掃描儀在一定范圍內對3D物體的掃描是清楚而生動的，而CIS掃描儀掃描略微凹凸不平的物體時，輸出的圖像常會出現模糊和散焦的情況。
高質量的CCD感光元件能保證在質量不變的情況下使用10000小時，而目前的CIS掃描儀的發光元件在使用500小時后，其亮度平均降低30％，也就是說CIS掃描儀的發光元件壽命較短。雖然CIS發光元件壽命較短，但CIS掃描頭價格便宜，更換很方便。